近日，果樹所嶺南特色果樹研究團隊在國際學術期刊Horticulture Research（中科院農林科學一區Top，IF=8.5）發表題為“The pangenome enhances the understanding of the genetic diversity of papaya”的研究論文。果樹所為論文第一完成單位，楊敏副研究員、周陳平副研究員為論文共同第一作者，楊敏副研究員和魏嶽榮研究員為論文共同通訊作者，團隊成員參與了相關工作。

　　番木瓜是重要熱帶亞熱帶水果，營養價值與藥用價值高。由於單一參考基因組無法完整表征物種遺傳多樣性，本研究通過整合多個番木瓜資源基因組構建泛基因組，重點開展四方麵研究：（1）構建同源基因、圖形、線性三種泛基因組並比較，互補揭示番木瓜基因組變異全景，發現非核心基因與品種抗性、風味相關；（2）挖掘到T3品種RRG基因內含子區94 bp缺失變異，首次在番木瓜中揭示該基因通過調控根分生組織細胞增殖與伸長影響根長的分子機製；（3）利用222份種質重測序數據鑒定26173個高可信結構變異（SV），發現其可揭示SNP分析未捕捉的遺傳關係，鑒定出馴化相關候選基因；（4）新增3個關鍵番木瓜品種（貯豐、T3和T5）及重新組裝的紫暉品種高質量基因組，豐富了番木瓜基因組資源。本研究不僅為番木瓜遺傳育種提供了高質量的基因組資源與變異圖譜，也為解析複雜農藝性狀、挖掘抗病抗逆基因、加速分子標記輔助育種奠定了堅實基礎。

　　該研究得到國家自然科學基金麵上項目（32572974）、必威betways “中青年學術帶頭人——金穎之星”培養基金項目（R2023PY-JX005）、必威betways 果樹研究所科技創新自主培育項目（23107）、廣東省鄉村振興戰略專項資金種業振興行動項目（2024-NPY-00-028）和廣州市科技計劃項目（2024A04J6951）的資助。

　　原文鏈接：https://doi.org/10.1093/hr/uhaf282

泛基因組分析鑒定到的功能基因結構變異（SVs）