近日，水稻所在Plant Biotechnology Journal（中科院大類一區，IF 10.5）發表了題為“Challenges in Bringing Pangenome Research Into Breeding: A Case Study in Rice”的綜述論文。水稻所聶帥博士為第一作者，華南農業大學李方平博士及水稻所李日盛為共同第一作者，水稻所胡海飛副研究員、趙均良研究員、澳門中西創新學院陳俊傑教授為共同通訊作者。

　　論文係統總結了水稻泛基因組從線性模型到圖結構模型構建的演進曆程；梳理了基於泛基因組分析挖掘出的，因單一參考基因組遺漏的重要農藝性狀新位點與候選基因（抗病、產量、耐熱等）；分析了當前泛基因組在育種應用中受到的數據與變異形式複雜、分析工具適配性不足與算力成本較高、數據標準化程度與模型可解釋性不足等限製因素。作者指出，為進一步推動泛基因組從“基礎圖譜”轉化為可應用的育種工具，將SNP、PAV 等多類型變異整合為低成本、高通量的分型體係（如基因芯片與分子標記）是關鍵環節；並提出“泛基因組驅動的智能育種流程” 構想，即以種質資源與多組學測序數據為輸入，經泛基因組分型與多組學整合解析遺傳機製，結合模型預測輸出親本選配、QTL 聚合與基因編輯靶點，並通過田間試驗驗證形成迭代閉環，最終實現從複雜遺傳信息到可操作育種流程的高效轉化。

　　研究工作得到了國家重點研發計劃、國家自然科學基金、廣東省珠江人才計劃、廣東省自然科學基金等項目的資助。